本檔為本所存藏由外交部移來清季總理各國事務衙門清檔中的一部分。起自咸豐十年（1860），迄於宣統三年（1911）共計九百餘冊，約三萬餘頁，合約六百萬字。內容包括一般教務，及京師、直隸、山東、山西、河南、江蘇、安徽、江西、湖南、湖北、四川、浙江、福建、廣東、廣西、雲南、貴州、陜西、甘肅、青海、察哈爾、綏遠、熱河、新疆、臺灣、西藏等省區地方之各國教務與教案。所有文件的形式與性質則有奏摺、上諭、照會、咨文、信函、申陳、稟帖、供詞、匿名揭帖及文告等，約百分之七八十為從未刊佈者。因教案為教民與一般平民衝突或爭執之案件，密切涉及一般社會大眾和地方基層政治，故此批資料，不僅為研究基督教在華傳教史之所必須閱讀，即從事近代中國社會、思想以及地方行政史之研究，亦為珍貴之參考資料。由於本所之工作方針，不僅從事各種專題之研究，並且兼顧蒐集、整理、編纂及發佈重要史料，以提供所有從事研究者參考。因而自設所伊始，便與研究之同時，亦展開編纂與刊佈史料工作，本檔之編纂與刊佈，即為其中之一。
