正在迎向「終焉之時」的時代。每個人的日常生活都跟鍊金術息息相關。來到這個世界邊境上的小鎮－柯爾賽特的鍊金術士少女愛絲卡與青年羅吉，以柯爾賽特長年來的願望－前往漂浮在小鎮上空的前時代未探索遺址為目標，展開飛行船的研發計畫。不過，也意外揭露了羅吉在中央時因飛行船計劃引發重大事故的過去！
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