【一】1972-1981傳說（短篇小說集）
【上卷】仍然在殷勤地閃耀著／強說的愁／怎一個愁字了得／緣／女之甦／儷人行／陌上花／喬太守新記／蝴蝶記
【下卷】扶桑一枝／青青子衿／子夜歌／春風吹又生／思想起／臘梅三弄／五月晴／剪春蘿／某年某月某一天／椰子結在棕櫚上／傳說
【二】1977-1979淡江記（散文集）
【第一卷：陽光歲月】牧羊橋‧再見／販書記／人世微波／有一段路像這樣／錯裡錯／桃花潭水深千尺／鐘／清明節／風箏的話／星期六的下午／招財進寶／寫在春天／如霧起時／假鳳虛凰
【第二卷：風吹花開】大風起兮／如夢令／江山美人／相見歡／無題／談《赤地之戀》／梨園素人／仙緣如花
【第三卷：天地情兮】我夢海棠／鵲橋仙／長亭更短亭／之子于歸／花問／月兒像檸檬／懷沙
【三】1982-1987炎夏之都（短篇小說集）
【上卷】畫眉記／伊甸不再／安安的假期／最藍的藍／風櫃來的人／最想念的季節／這一天／荷葉‧蓮花‧藕
【下卷】敘前塵／外婆家的暑假／童年往事／柯那一班／桃樹人家有事／炎夏之都／世夢
【四】1988-1990世紀末的華麗（短篇小說集）
柴師父／尼羅河女兒／肉身菩薩／帶我去吧，月光／紅玫瑰呼叫你／世紀末的華麗／恍如昨日／失去的假期／日神的後裔
【五】1980-2003有所思，乃在大海南（雜文集）
【輯一：前三三與後三三】燙手的熱山芋／無事／華崗的夜／折楊柳／記得當時年紀小／尋春問臘到蓬萊／碧螺春／我夢且不言／采薇‧采風／月入歌扇‧花承節鼓／衣香／夏釣／提筆／伯利恆的星／戲外戲／他／有所思／竹崎一日／想做／七樓的天空
【輯二：如是我聞】一杯看劍氣／玲瓏塔來塔玲瓏／鳳凰花發海南天／如是我聞／人身報得／有信‧有仁／女孩／同修同行，同福同慧／與石頭相遇／弱點的張大春
【輯三：蜚長流短】賴聲川的戲／我們能，大陸也能／另一種戰場／我也成了觀光客／從《人間》想起／馬尼拉的落日／陳先生和他的書店／抓住字／關於「台北的銀座」／一個舞台兩齣戲／《武惡》的魅力
【輯四：單身不貴族】說明一下／女人與衣服／關於吃醋／旅途中的男心／第二代探親／從不是上班族／髮型與心情／日本／做家事／特殊朋友／文學的童年／租屋今昔／小說獎／單身不貴族
【輯五：站在左邊】上言加餐飯／秭歸／走吃千里／陸沉之都／來自遠方的眼光／廢墟裏的新天使／站在左邊
【附錄】舞鶴對談朱天文／MichaelBerry訪談朱天文與侯孝賢
【六】1981-2000黃金盟誓之書（散文集）
【輯一：家，是用稿紙糊起來的】朝陽庭花聞兒語／寶寶／兩歲／山花紅／我歌月徘徊／素讀《八二三注》／春衫行／雲上遊／吾家有犬／美國舞男／E.T.回家／給爸爸的信／拔牙／家，是用稿紙糊起來的
【輯二：綠楊三月時】記多摩川／一花開／吹夢到西洲／隴上歌／俺自喜人比花低／綠楊三月時／四本書
【輯三：重逢】老地方／惜歲／外公的留聲機／拍片的假期／遇張／重逢／桃樹人家／家有小老虎／歲末的願望／聞吠起舞
【輯四：記胡蘭成八書】獄中之書／懺情之書／優曇婆羅之書／黃金盟誓之書／神話解謎之書／彌撒之書／阿難之書／忘情之書
【輯五：父後三年】做小金魚的人／揮別的手勢／花憶前身
【七】1982-2006最好的時光（電影作品集）
【上卷：電影本事、分場劇本】小畢的故事／戀戀風塵／悲情城市／好男好女／南國再見，南國／海上花／千禧曼波／咖啡時光／最好的時光／紅汽球的旅行
【中卷：一部電影的開始到完成】源起／劇本討論／拍攝／剪接／出片
【下卷：關於電影】下海記／我們的安安呀／拍片隨記／初論侯孝賢／記夏威夷影展／《童年往事》製作／《青梅竹馬》訪蔡琴／金沙的日子／請注意大陸電影的發展／楊德昌與侯孝賢／給另一種電影一個生存的空間／電影與小說／明伯伯／一杯看劍氣／《悲情城市》十三問／歲月偷換了東豐街／寫給小川紳介／雲塊前接法／新的碑誌／這次他開始動了／《海上花》的美術製作／《海上花》的拍攝
【八】2008巫言（長篇小說）
【第一章：巫看】巫看／菩薩低眉／世紀初／不結伴的旅行者（1）／不結伴的旅行者（2）
【第二章：巫時】不結伴的旅行者（3）／巫時／E界
【第三章：巫事】巫事（1）／e-mail&V8／螢光妹／巫事（2）
【第四章：巫途】巫途（1）／不結伴的旅行者（4）／巫途（5）
【第五章：巫界】二二九／二二九，浣衣日／巫界（1）／巫界（2）／巫界（3）唐諾導讀：關於《巫言》
