總統大選期間，中央社發新聞稿：「李敖批李遠哲是偽君子，指將在選後出書揭發他的真面目。」選後五個多月，李敖兌現諾言出版《李遠哲的真面目》。
李敖寫道：「李遠哲得了諾貝爾化學獎，台灣人說是台灣人的光榮，其實是掠美人之美的厚顏，因為李遠哲是以美國人、美國籍的身份得的……某些天真的台灣人把美國人李遠哲當成神，進而有造神運動的展開。李遠哲一開始尚知偽裝，聲言請勿神化他。但隨著李遠哲的扁功上升、人品沉淪，他自己竟也自我膨脹，自以為無所不知、無所不能了，於是一個單純的化學家，竟進而搞院務、搞教改、搞教授治校、搞校園民主、搞全民救災、搞國政顧問、搞兩岸政策……『化學博士』搖身一變成『化身博士』……」
李敖認為台灣人不但被騙，還被李遠哲這種人騙，於是他寫了《李遠哲的真面目》一書，詳述李遠哲如何在中研院浪費人民納稅、非法任用副院長及忘恩負義出賣恩師的種種行徑。李敖也在台視節目裡，談論《李遠哲的真面目》並召開記者會，許多不曾公佈之原始證據在書裡首次大披露，《李遠哲的真面目》再次受到矚目與重視。
